При использовании древесины необходимо учитывать потенциальные дефекты, такие как косослоистость, свилеватость, сучковатость, а также участки, поврежденные трещинами, гнилью и насекомыми (жуками-точильщиками и жуками-древогрызами). Косослоистость представляет собой дефект, возникающий вследствие спирального направления волокон древесины, что затрудняет ее обработку и снижает ее пригодность для элементов, подвергающихся изгибам, таких как балки или рукоятки инструментов.

Свилеватость — это волнистое направление волокон, чаще встречающееся в прикорневой зоне ствола; хотя этот дефект не влияет на прочность, он усложняет обработку и колецию, однако свилеватые породы ореха, березы, клена и других видов ценятся за их декоративные качества и применяются в отделке мебели и создании художественных изделий.

Сучковатость является значительным дефектом хвойных пород, так как при высыхании сучки могут отпадать, тогда как в лиственных породах они часто сохраняют прочное крепление и могут придать древесине высокую декоративность, как в случае с кленовой древесиной, известной как «птичий глаз»; при этом отпадающие и сгнившие сучки удаляются, а образовавшиеся полости герметизируются вставками из той же породы.

Трещины могут образоваться под влиянием низких температур, а также в результате некорректной сушки и условий хранения, что делает потрескавшиеся доски непригодными для изготовления мебели и оборудования, однако они могут быть использованы для полов, ограждений или перегородок. Незначительные трещины допускают частичное удаление поврежденной зоны или заклеивание с помощью вставки, сделанной путем пропила и последующего вклеивания реечки; при существенных трещинах доску следует расколоть до конца, пристругать изъеденные кромки и провести склеивание. Участки, пораженные гнилью, становятся хрупкими и недолговечными; процесс гниения можно остановить путем тщательной сушки и обеспечения надлежащей вентиляции, при этом сгнившие фрагменты обязательно удаляются. Повреждение древесины насекомыми может привести к быстрому разрушению изделия: личинки жуков-точильщиков оставляют ходы, превращая древесину в пыль, а жуки-древогрызы могут вызвать разрушение, невидимое внешне. Для борьбы с насекомыми рекомендуется использовать смесь из трех частей скипидара и одной части керосина, либо приобрести готовые составы; жидкие реагенты вводятся в отверстия пипеткой, а при большом количестве пор — распылителем, причем обработка должна повторяться четыре раза в течение двух-трех месяцев, после чего все отверстия тщательно запечатываются парафином, воском, мастикой для пола или другим герметиком.